文献学习45｜mNGS在肺部感染应用中的进展及思考（一）

导语：mNGS是近年来新兴的病原学检测方法。其可对标本中所有微生物进行测序，并通过一系列的生物信息分析识别出病原体。与传统检测方法不同，mNGS具有快速鉴定、全面覆盖、灵敏度高等特点，在多种感染性疾病中均可应用。

• 截至2021年7月24日，mNGS肺部感染相关文章共115篇（不全统计）。
  
  

• 检出病原微生物越多越好？
• 到底哪些人需要NGS？
• 如何解读结果？

• 2018年，中山医院一项研究纳入511份样本（149份BALF+143份痰液）。
  
  
  

• 2020年，朝阳医院一项研究纳入32例患者35份BALF；与培养法相验证，NGS灵敏度为88.89%，特异度为77.78%；与涂片和/PCR验证，NGS灵敏度为77.78%，特异度为70.00%；其中9例免疫缺陷患者的NGS检测阳性率达100%。

Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 2020, 39(2):369-374.

• 2021年，解放军总医院纳入159例CAP患者的一项队列研究：mNGS检出率为79.7%，明显高于对照组（传统检测）。

BMC Infectious Diseases, 2021, 21:352.

• 2020年，一项前瞻性多中心研究纳入329例SCAP患者：mNGS的总检出率为90.3%，其他方法为39.5%（P<0.05）。
  
  

Infect Dis Ther, 2020, 9(4):1003-1015.

• 2021年，协和医院ICU一项回顾性研究：疑似肺炎的免疫抑制患者BALF两种检测结果。

Journal of Infection, 2021, 82:22-27. 

注意：常规检测中纳入了多重PCR等技术；曲霉菌采用了G或GM试验。

• 该研究是首次提出检出率低于传统检测的研究，因此我们通过下载原始附加材料进一步寻找答案。文章的附加文件给出的诊断标准如下。

• 常规检测中纳入了多重PCR等技术；在曲霉菌认定方面，也采用了G试验或GM试验。

• 2021年，华山医院，100例肺炎患者的患者的下呼吸道标本。结果显示：NGS对细菌和真菌的检测敏感性高于传统培养（95%∶54%；P<0.001）。mNGS诊断病毒的敏感性低于PCR，但它鉴定出14种常规方法检测不到的病毒种类。Tra：传统检测技术包括了使用FilmArray肺炎的多重PCR检测平台。

• NGS诊断混合肺部感染敏感性远高于常规检测（97.2％∶13.9％；P<0.01），特异性较差（63.2％∶94.7％；P=0.07）。

BMC Pulmonary Medicine, 2019, 19:252.

• 2021年，解放军总医院的一项研究纳入159例CAP患者的队列研究，常规：34种细菌和5种真菌病原体；mNGS：113种细菌，34种DNA病毒和32种真菌。mNGS检测到更多混合感染。

BMC Infectious Diseases, 2021, 21:352.

? 免疫抑制患者

• 这项研究还是来自前述2020年的多中心前瞻研究：免疫抑制CAP患者的病原学分布不同，混合感染为主（特别是合并真菌感染多）。

Infect Dis Ther, 2020, 9(4):1003-1015.

• 西安交通大学第一附属医院的一项研究纳入235例疑似肺部感染患者BALF，最终临床诊断分为单纯肺部感染组+气道炎症组+免疫功能低下组。mNGS对混合感染检出率高，特别是在免疫功能低下患者中检出更多混合感染。

 

Front Cell Infect Microbiol, 2021, 11:541092. 

• 耶鲁大学医学院一项研究纳入30例免疫抑制肺炎患者，结果显示CMT（传统检测）+CM（临床宏基因组）提高免疫抑制肺炎患者的诊断效率，从35%至58%；但对真菌性肺炎的诊断价值较低。

? 已接受抗感染治疗

Clin Infect Dis, 2018, 67(S2):S231-S240.

• 2019年，斯坦福大学cfDNA团队一项研究：在96例检测前2周接受抗感染治疗的患者中，血标本的NGS检出率47.9%；血培养19.6%。

Nat Microbiol, 2019, 4(4):663-674.

• 2020年，复旦大学附属华山医院张文宏教授团队的研究纳入108例接受激素治疗的免疫抑制疑似感染的患者，结果提示，累计使用激素量大的免疫抑制患者中，NGS检出率不受激素药量影响；激素累计总用量增多，混合感染患者比例增加。

Ann Transl Med, 2020, 8(5):227.

• 2020年，国内一项多中心研究：52.9%的患者依据NGS结果进行了治疗调整。

• 复旦大学附属中山医院研究：回顾感染性疾病患者的NGS结果，经比对发现初始抗生素治疗未覆盖率高达58.6%。

改善预后

• 2019年上海交通大学医学院附属上海总医院研究。

• 2020年暨南大学附属第一医院研究提示mNGS是确定重症肺炎所致ARDS病因学价值的重要工具，可提高对该病的诊断准确性和预后。

• 2021年，解放军总医院前瞻性研究发现根据NGS结果调整治疗的CAP患者预后改善。