文献学习53｜宏基因组二代测序在肺部真菌感染诊断中的应用：肺活检与支气管肺泡灌洗液比较

• 肺部真菌感染呈上升趋势，传统真菌检测方法（涂片、培养、组织病理学）耗时长且敏感性低；对于非免疫抑制患者阳性率更低；G/GM试验容易获得但其假阳性率高。
• 现阶段、疑难危重症感染病原学诊断已迈入mNGS时代，已有研究表明mNGS可提高病原学检测灵敏度且受抗生素使用的影响较小。
• 然而，临床应用mNGS诊断肺部真菌感染的经验有限。

• 比较肺活检组织和支气管肺泡灌洗液（BALF）的mNGS结果，确定它们的临床诊断价值。

• 单中心回顾性队列研究
• 研究入组人群：
  - 2018年5月至2020年1月天津大学总医院疑似肺部真菌感染患者106例。
  - 所有患者均接受气管镜检查收集肺泡灌洗液及活检组织。

• 肺真菌感染诊断标准（EORTC/MSG 2019版）：

  IFD组
  - 确诊侵袭性真菌感染：组织病理学。
  - 极似/临床诊断：医院组成的专家组阅胸部CT影像学符合真菌感染（临床特征）+评估真菌感染病原学证据，包括GM试验。
  非IFD组
  - 若不符合确诊及临床诊断则为非IFDs者。
• 确定真菌感染具体病原体：
  - 培养和/或组织病理学检查阳性的真菌；在免疫抑制患者中BALF GM试验阳性确定曲霉菌感染（推荐）。
  - 某一真菌测得至少50个特异读长为致病真菌；对于读长小于50的病原菌可根据临床情况进行判断。

• mNGS与常规检测（病理学、半乳甘露聚糖和培养）比较

• 比较肺活检组织mNGS和BALF mNGS检测在诊断肺部真菌感染的价值

mNGS（活检和BALF联合）与BALF mNGS的AUC差异为0.0654 (P=0.018)。

• 肺组织活检 mNGS：米曲霉，黄曲霉，耶氏肺孢子菌，小根霉，烟曲霉。

• BALF mNGS：耶氏肺孢子菌，烟曲霉，米曲霉，黄曲霉，小根霉。

• 在45例最终诊断为肺部真菌感染的患者中，32例（75%）患者的肺活检和BALF检测结果为阳性。
• 在45例最终诊断为肺部真菌感染的患者中，32例（75%）患者的肺活检和BALF检测结果为阳性。
• 取两种标本mNGS检测出的多种类型真菌中读数最多的真菌进行比较。

• 在32例两种标本mNGS结果均为阳性的患者中，27例（84.38%）肺活检mNGS检测到的真菌读数高于对照组BALF mNGS；17例（53.13%）患者肺活检mNGS检测真菌读数比BALF mNGS高10倍以上。

  
  

• 文献介绍了22例mNGS结果不一致的患者的信息。

• 8例肺组织活检mNGS阳性→4例最终确认真菌感染。

• 13例BALF mNGS阳性→5例最终确认真菌感染。

• 22例患者中，12例mNGS结果为假阳性；其中肺活检mNGS假阳性4例，BALF mNGS假阳性8例（P>0.05）。

• 假阳性病例中，曲霉菌、肺孢子菌和白念珠菌的检出率最高，其中mNGS序列数小于20的有10例（83.33%）。

• 本研究中记录了气管镜的并发症。

• 本研究106例患者中，肺活检和BALF同时进行。

• 8例经支气管肺活检在支气管镜下观察到少量出血；注入凝血酶后，支气管镜下未见活动性出血。

• 106例患者中没有一例发生任何并发症，包括致死性咯血、气胸、心律失常和死亡。

• mNGS检测肺部真菌感染与常规检测相比有明显优势。

• 肺活检-mNGS和BALF mNGS无差别；但与BALF mNGS相比，肺活检mNGS通常可以检测到的序列数高于BALF mNGS。

• 怀疑肺部真菌感染的患者建议肺活检或BALF mNGS，以尽早发现病原菌。

• 当需要更高的诊断疗效时，可考虑活检和BALF两种标本联合mNGS检测。

• 本研究使用的mNGS检测均交付给商业实验室，未交付给医院的微生物实验室。这可能会增加周转时间并减少存储容量，从而降低测试的灵敏度。

• 此外，本研究纳入的样本量不大，导致绘制的ROC曲线略有偏差。

• 疑问：文章中对于疑似真菌感染没有明确定义？何为疑似真菌感染？纳入106例的依据具体是什么？

• 进行真菌相关检测前患者是否有抗真菌治疗？对结果有无影响？